يمكن استخدام مولد هيبوكلوريت الصوديوم لمعالجة إمدادات المياه الثانوية

متى  هيبوكلوريت الصوديوم  يتلامس مع الماء، فإنه يتحلل ليشكل أيونات هيبوكلوريت وهيبوكلوريت. من بينها، يتمتع هيبوكلوريت بخصائص مؤكسدة قوية ويمكنه تدمير البروتين وأنظمة الإنزيمات الأخرى للبكتيريا (الفيروسات)، وبالتالي قتل الكائنات الحية الدقيقة المسببة للأمراض. تأثير التطهير المستمر بالكلور المتبقي، تشغيل بسيط، أكثر أمانًا وملاءمة من الكلور السائل، وأرخص من مسحوق التبييض.

بالمقارنة مع التطهير بغاز الكلور، فإن هيبوكلوريت الصوديوم لديه مخاطر أقل على السلامة، ولا يشكل أي مخاطر تسرب على سلامة حياة الإنسان، ولا ينتج منتجات ثانوية سامة أو ضارة. أظهرت الدراسات أنه أثناء تطهير هيبوكلوريت الصوديوم، يكون حمض ثنائي كلورو أسيتيك (DCAA) في مياه المصنع أقل من ذلك في تطهير الكلور السائل، في حين أن حمض ثلاثي كلورو أسيتيك (TCAA) مكافئ بشكل أساسي. عند استخدام هيبوكلوريت الصوديوم للتطهير، يكون ثلاثي الهالوميثان (THMs) الموجود في مياه المصنع أقل من الكلور السائل، ويعادل رابع كلوريد الكربون (CCl4) الاثنين بشكل أساسي. وبشكل عام، فإن كمية المنتجات الثانوية للتطهير من هيبوكلوريت الصوديوم أقل من كمية الكلور السائل.